Laaksossa Assisin kaupungin alapuolella oli Franciscuksen aikaan metsää ja suota. Siellä sijaitsi myös pieni ja hylätty Porziuncolan kappeli, jonka F. sai lahjoituksena benediktiineiltä. Sinne syntyi ensimmäinen vähäisten veljien (fratres minores) luostariyhteisö. F:n kuoleman jälkeen paikasta tuli merkittävä pyhiinvaelluskohde. 1500-luvulla pikku kappelin päälle alettiin rakentaa massiivista kirkkoa, joka kantaa nimeä Basilica Santa Maria degli Angeli (Enkeleiden Pyhä Maria). Kappeli sijaitsee edelleen valtaisan basilikan sisällä.
Varmasti merkittävin Assisin kirkoista on kolmikerroksinen Basilica di San Francesco. Paavi muurasi sen peruskiven seuraavana päivänä, kun oli julistanut Köyheliinin pyhimykseksi kaksi vuotta tämän kuoleman jälkeen, eli 16.7.1228. Basilikassa on päällekkäin kaksi kirkkoa, ylempää koristavat Giotton ja Cimabuen freskot Franciscuksen ja Kristuksen elämästä, alempaa taas runsaasti koristellut sivualttarit ja samoin Cimabuen, Lorenzettin ja muiden taiteilijoiden mykistävät teokset. Näiden alle on 1800-luvulla kaivettu krypta, josta löytyivät Franciscuksen sekä hänen ystäviensä Leon, Ruffinon, Massimon ja Angelon haudat. (Franciscus haudattiin alnperin nykyisen S. Chiaran kirkon alle, mutta hänen luunsa siirrettiin tänne basilikan rakentamisen yhteydessä.)
Alempi kuva on alemman kirkon alttarialueesta ja se on noukittu netistä. Kirkoissa ei saanut ollenkaan kuvata, joten mulla ei ole sieltä omaa kuvamatskua.
